Una sorta di bambina-pesce fugge dalla sua casa in fondo al mare a bordo di una medusa e finisce su una spiaggia dove viene salvata da un bambino di nome Sōsuke, che la battezza Ponyo, senza sapere che il suo vero nome è, invece, Brunilde. Fujimoto, il padre di Ponyo, la costringe a ritornare a casa, ma lei gli confessa che vuole diventare umana perché si è innamorata di Sōsuke...